Власть в стране принадлежала ультранационалистическому движению усташей. Целью движения было превращение Хорватии в стопроцентно католическую страну, а проживавших в ней сербов, цыган и евреев предполагалось уничтожить. Через несколько дней после прихода к власти усташи подготавливают и принимают ряд дискриминационных по отношению к представителям других национальностей законов. 17 апреля утверждается закон о защите народа и государства, 18 апреля постановления о назначении государственных комиссаров на частные предприятия, принадлежащие сербским или еврейским предпринимателям, и конфискацию всех их автотранспортных средств, 25 апреля принимается закон о запрещении кириллицы, 30 апреля — о защите «арийской крови и чести хорватского народа» и о расовой принадлежности и т. д. Сербам предписывалось носить повязки с буквой «П», что означало «Православный». В новой Хорватии право на гражданство получали только «лица арийского происхождения». Католичество было объявлено официальной государственной религией.

Хорватия была единственной европейской страной-союзницей Германии, создавшей свои собственные концентрационные лагеря, крупнейшим из которых был Ясеновац.

В своей речи в Госпиче 22 июня 1941 года один из лидеров усташей Миле Будак сформулировал программу действий по отношению к сербам, которая 26 июня была опубликована газетой «Hrvatski List»:

« Одну часть сербов мы уничтожим, другую выселим, остальных переведём в католическую веру и превратим в хорватов. Таким образом скоро затеряются их следы, а то, что останется, будет лишь дурным воспоминанием о них. Для сербов, цыган и евреев у нас найдётся три миллиона пуль »

Другой усташский лидер, Младен Лоркович, в своём выступлении 27 июля 1941 года сказал следующее:

« ...долг хорватского правительства сделать так, чтобы Хорватия принадлежала только хорватам. Наш долг заставить молчать навсегда те элементы, которые больше всего способствовали попаданию Хорватии под сербское господство в 1918 году. Одним словом, мы должны уничтожить сербов в Хорватии! »

Первые свои рейды по сербским населённым пунктам усташи совершили сразу после капитуляции Королевства Югославии. В населённом пункте Корица были убиты 176 сербов. В районе Любишки усташами под командованием Юро Борота были убиты 4 500 сербов. Около 5 000 человек погибли в результате массовых убийств под руководством Франьо Веги, сотрудника министерства Артуковича. На авиационном поле, расположенном между Свийцей и Ливно были брошены в цистерны и засыпаны негашеной известью 280 себров. В Галиньево сотни сербов были сброшены в Дрину связанными по двое металлической проволокой. 14 мая 1941 года около 1 000 сербов были убиты в церкви в Глине. Эту резню организовал местный уроженец Мирко Пук, тогда министр в усташском правительстве. Начиная с 29 июля в деревнях Крнияч, Кротинье, Широка Река, Ракович усташская колонна под командованием Божидара Черовски произвела массовые убийства около 3 000 сербов. Ещё 907 сербов были убиты начиная с 9 августа в деревнях Орнич, Дивосело и Читлук. Более 500 женщин и детей были сброшены в расшелины горы Тусницы, 80 женщин и детей были убиты в школе Челебича. В Баске и Перне 540 сербов были заперты в их домах и сожжены живьем.

После того, как в июне 1941 значительное количество оккупационных войск покинуло Балканы и немецкий контроль за своим союзником ослаб, усташский террор набрал обороты. Только за шесть недель 1941 года усташи убили троих православных епископов и 180 000 сербов. Огромное количество трупов бросали в воды Дрины, Дравы и Савы чтобы они достигли Сербии. К некоторым прикреплялись таблички с надписями вроде «Паспорт для Белграда», «Уважаемый для Сербии», «В Белград королю Петру».

В дальнейшем усташские рейды продолжались. Сербское население в НГХ также страдало при проведении антипартизанских операций хорватскими формированиями, которые уничтожали целые населённые пункты в отместку за помощь четникам или партизанам или просто если они оказывались в зоне боевых действий. Например, 3 июля 1944 года усташами была устроена бойня в Кравице. Под командованием Анте Царатаны и Франьо Судары бойцы Первой усташской бригады убили 111 человек. Кравица и окрестные хутора были сожжены усташами. В подвале дома семьи Васич были заживо сожжены 46 человек из хутора Анджичи.