Вопрос задали в нашу любимую службу "Гарант" (Правового консалтинга ГАРАНТ):

Общественная организация применяет УСН, объект налогообложения - доходы, ставка - 6%. Напрямую из бюджета получена субсидия на реализацию программы некоммерческой организации. Данная деятельность в уставе общественной организации не прописана.
Каков порядок налогообложения полученной субсидии?

Рассмотрев вопрос, мы пришли к следующему выводу:
По нашему мнению, указанная субсидия включается в налоговую базу по налогу, уплачиваемому в связи с применением УСН.

Обоснование вывода:
Подпункт 1 п. 1.1 ст. 346.15 НК РФ указывает, что при определении объекта налогообложения организации, применяющие УСН, не учитывают доходы, поименованные в ст. 251 НК РФ.

Так, пп. 14 п. 1 ст. 251 НК РФ определяет, что при исчислении налоговой базы не учитываются доходы в виде имущества, полученного налогоплательщиком в рамках целевого финансирования. При этом налогоплательщики, получившие средства целевого финансирования, обязаны вести раздельный учет доходов (расходов), полученных (произведенных) в рамках целевого финансирования. При отсутствии такого учета у налогоплательщика, получившего средства целевого финансирования, указанные средства рассматриваются как подлежащие налогообложению с даты их получения.

Подпункт 14 п. 1 ст. 251 НК РФ содержит закрытый перечень средств, признаваемых целевым финансированием.
К таким средствам относятся, в частности, бюджетные ассигнования, выделяемые бюджетным учреждениям, а также субсидии автономным учреждениям.

Однако в рассматриваемой ситуации субсидию получает общественная организация. При этом пп. 14 п. 1 ст. 251 НК РФ не содержит такого вида средств, как субсидии из бюджета на реализацию целевых программ.

Учитывая изложенное, полагаем, что в рассматриваемом случае пп. 14 п. 1 ст. 251 НК РФ не применяется.

Пункт 2 ст. 251 НК РФ предусматривает, что при определении налоговой базы также не учитываются целевые поступления. К ним относятся целевые поступления на содержание некоммерческих организаций и ведение ими уставной деятельности, поступившие безвозмездно на основании решений органов государственной власти и органов местного самоуправления и решений органов управления государственных внебюджетных фондов, а также целевые поступления от других организаций и (или) физических лиц, использованные указанными получателями по назначению.

Пункт 2 ст. 251 НК РФ также содержит перечень поступлений, признаваемых целевыми, полученными на содержание некоммерческих организаций и ведение ими уставной деятельности. Данный перечень носит закрытый характер.
Так, признаются целевыми суммы финансирования из федерального бюджета, бюджетов субъектов РФ, местных бюджетов, бюджетов государственных внебюджетных фондов, выделяемые на осуществление уставной деятельности некоммерческих организаций.

В рассматриваемой ситуации денежные средства выделяются из бюджета не на осуществление уставной деятельности, а на реализацию целевой программы.

В данных обстоятельствах представляется, что нормы пп. 3 п. 2 ст. 251 НК РФ также не применяются.
Доходы организаций, не соответствующие перечню средств и критериям целевого финансирования (целевых поступлений), учитываются организациями, применяющими упрощенную систему налогообложения, в порядке, предусмотренном главой 26.2 НК РФ.

Таким образом, на наш взгляд, полученная организацией субсидия учитывается в целях исчисления налога, уплачиваемого в связи с применением УСН, на общих основаниях.

Данная точка зрения подтверждается рядом писем Минфина России (смотрите, например, письма от 06.04.2010 N 03-11-11/91, от 18.01.2010 N 03-11-11/04, от 27.10.2009 N 03-11-06/2/224 и т.д.).

Вобщем только больше запутали... :-/
Мой совет. Если в договоре дополнительно прямо не указано, что выделенная сумма "не облагается какими либо налогами" - лучше заплатить и спать спокойно... :)