Ко второму президентскому сроку Путина «силовики» подошли как самая влиятельная и жёсткая по своим взглядам группировка, готовая к решительной борьбе за сохранение своего положения в руководстве страны.
Политологи относят начало наступления «силовиков» к началу 2002 года; дело ЮКОСа считается первым решительным ударом, нанесённым «силовиками» по «семейной» группировке и изменившим расстановку сил в их пользу; показательно, что экономическими плодами разгрома «ЮКОСа» в основном воспользовалась госкомпания «Роснефть» во главе с представителем «силовиков» Сергеем Богданчиковым. Как считается, к 2006 г. «силовики» контролировали 10 государственных ведомств полностью и ещё несколько — частично; им приписывают также стремление взять под свой контроль все ключевые пункты экономики.
К представителям «силовиков» в президентство В. Путина обычно относили директора ФСБ Николая Патрушева, земляка и коллегу Путина — первого вице-премьер Сергея Иванова, заместителя главы администрации президента России Игоря Сечина (также из бывших сотрудников мэрии Санкт-Петербурга) и помощника президента Виктора Иванова (петербуржец, сотрудник спецслужб, затем глава административного управления мэрии Петербурга; отвечает в администрации президента за кадры), председателя Госдумы и бывшего министра внутренних дел Бориса Грызлова. Представителями этой группировки также считали другой земляк и коллега Путина, глава Госнаркоконтроля Виктор Черкесов и президент компании «Роснефть» Сергей Богданчиков. По некоторым утверждениям, к сторонникам Сечина (которых в 2006 году противопоставляли сторонникам Патрушева) относились также руководитель Администрации президента Сергей Собянин и спикер Совета Федерации Сергей Миронов.
Из бизнесменов, с «силовиками» и непосредственно с Сечиным наиболее тесно связан бывший глава Межпромбанка (ныне сенатор) Сергей Пугачёв, также близкий знакомый Путина в период его вице-мэрства