Маленькая подводная лодка не может называться подводным крейсером, а подводный крейсер может называться подводной лодкой. Подводная лодка - более широкое понятие.

Ответ короткий, но полный и вразумительный!

ничем, просто с советских времен пошла мода крутые большие подлодки называть крейсерами - так понтовее

тем же, чем и надводная лодка отличается от надводного ракетного крейсера.

Можно.
Ваш приваренный к пирсу подводний човн "Запорижжя" является подводной лодкой.
На крейсер он никак не тянет.