Аваков был назначен министром внутренних дел Украины 27 февраля 2014 года. Его переназначили на должность 29 августа 2019. Он последний из двух министров предыдущего правительства, который остался в кабмине при новой власти. После отставки правительства Алексея Гончарука в марте 2020 года Аваков также сохранил должность.
В декабре 2020 года антикоррупционное бюро Украины (НАБУ) возбудило уголовное дело в отношении министра внутренних дел страны Арсена Авакова и бывшего главы Национального банка страны Валерии Гонтаревой по подозрению в незаконном завладении 62 млн евро со счетов CityCommerce Bank, открытых в австрийском банке Meinl Bank Aktiengeselschaft. Дело возбуждено во исполнение решения Высшего антикоррупционного суда по статье «Злоупотребление полномочиями должностным лицом». Кроме того, расследуются и действия сотрудников CityCommerce Bank.