В 1995 году Закиров возглавил Управление авиации МЧС, создав с нуля авиационное подразделение ведомства. Все принимаемые на вооружение министерства воздушные суда он тестировал лично. В качестве конструктора Закиров участвовал в разработке водосливных устройств для тушения пожаров ВСУ-5 и ВСУ-15 и для борьбы с разливами нефти ВОП-3. Он же создал выливной авиационный прибор (ВАП), устанавливаемый на Ил-76 для тушения пожара. Ил-76 стал одним из самых крупных противопожарных самолетов в мире, так как благодаря ВАП он за один раз может сбросить 42 тонны воды.

При Закирове авиация МЧС пополнилась и новым самолетом-амфибией Бе-200ЧС. В 2010 году именно Рафаиль Закиров проводил блиц-инструктаж Владимира Путина, когда тот сел за штурвал второго пилота самолета-амфибии Бе-200 во время тушения крупных пожаров в Центральной России.

Уточняется, что прощание и похороны состоятся 21 июля на Мытищинском мемориальном кладбище.