Борис Немцов - автор более 60 научных работ по квантовой физике, термодинамике, акустике. Среди изобретений Немцова — акустический лазер (перегретый пар сильно охлаждается, возникает мощный инфразвук) и некоторые параметры антенны для космического корабля (при вхождении корабля в земную атмосферу из-за её нагревания связь с кораблём теряется — изобретение Немцова снимало помехи связи).

Академик В. Л. Гинзбург отмечал в 1997 году о нём: «Он учился на кафедре распространения радиоволн, организованной мной на радиофаке, был аспирантом двух моих аспирантов: Эйдмана, своего дяди, и Денисова. Он по-настоящему талантливый физик, у него много хороших работ».
В 1985 году Немцов защитил диссертацию и получил степень кандидата физико-математических наук (тема: «Когерентные эффекты взаимодействия движущихся источников с излучением»).