Разница все же есть. Для наук объектом изучения является реальность. Для теологии - священные тексты. Предметом изучения той же филологии являются языки. В том числе мертвые языки. Предметом изучения теологии являются смыслы, заложенные в тексты. Наука, в том числе и филология, позволяет строить модели реальности, которые обладают предсказательной силой. Теология не ставит себе такой задачи. В этом смысле, назвать теологию "наукой" - это просто размывать определение науки. (И, да, если что-то не является наукой, это вовсе не означает, что это что-то вредно или неистинно.)