ИМХО версия:
1) Убийство заказное.
2) Чечены-исполнители знали, на что шли.
3) Следствие ПРИКРЫВАЕТ (от слова прикрытие, НЕ ПОКРЫВАЕТ) заказчика.
4) Путину убийство не выгодно, поэтому чечены найдены.
5) Оппозиция слишком явно подставлена этим убийством и, скорее всего, не имеет к нему отношения.
6) Религиозный мотив мало убедителен, но позволяет спрятать концы в воду.

....

Немцова заказала свита/дузья Путина, попавшие под западные санкции. Напомню, что именно Немцов был соавтором и распространителем книги об окружении Путина. Именно люди, фигурировавшие в этой книге, (и их семьи) попали под пресс санкций.