В 1940 г. Следствие в отношении Вавилова продолжалось 11 месяцев[. По утверждению самого Вавилова, за время следствия его вызывали на допрос около 400 раз. Как отмечает большинство биографов Вавилова, во время допросов он подвергался пыткам В ходе допросов под пытками,Вавилов дал показания о том, что занимался вредительством по заданию бывшего наркома земледелия СССР Я. А. Яковлева, арестованного и расстрелянного незадолго до этого. Вавилову также вменялось в вину то, что он являлся одним из руководителей никогда не существовавшей «Трудовой крестьянской партии». Поводом для этого обвинения послужило то, что Вавилов в своё время ходатайствовал за арестованных по «Делу Трудовой крестьянской партии», среди которых были известные агрономы и учёные. Как отмечают источники, по делу Вавилова было привлечено множество сфабрикованных документов, и всё дело было полностью сфабриковано.