А что не так? Церковь цинично следует своим интересам во все времена. А интересы у нее вовсе не духовные, а самые обычные,мирские.
Власть, деньги, адепты,земли.
Это знает любой человек, хоть немного интересующийся историей. Отлучения неугодных правителей (ограничивающих финансово или политически Церковь), поддержка выгодных правителей, активное участие в политике (которая цинична по своей сути). Ничего нового Акунин не придумал, констатация очевидных вещей.

Любой человек, а Церковь состоит из людей. свои действия со измеряет со своими возможностями. Запас героев в Церкви иссяк в одно не совсем прекрасное время(прекрасное оно было для других). Вы числом расстрелянных и замученных священнослужителей не интересовались? Наступили времена выживания и маневров не совсем красивых. Отсюда противоречия с Русской Зарубежной церковью, которой хорошо было мораль читать издалека, а не по соседству с Чрезвычайкой и Бутовским полигоном.