у Вас дилетантское представление о госконтрактах и их незаконностью, и уж тем более глупым выглядят Ваши выводы о том что возвращенные деньги пойдут на какие то иные статьи бюджета.
Контрольное управление как и иные надзорные органы могут оспорить незаконность в ограниченных рамках. Объясню на пальцах.
В бюджете есть статьи расходов. Скажем есть статья - расходы на административные расходы. В рамках этой статьи решили купить и установить золотой унитаз для какой либо административной жопы. Определили цену в 295 513 000 рублей. Состоялся конкурс. Но тут пришла счетная палата и сказала что золотой унитаз под такую жопу стоит не 295 513 00 рублей а всего лишь 295 512 000 рублей. Конкурс признают незаконным и возвращают (а вернее не разрешают тратить эти деньги на заявленную цель). Заметьте оспаривают не предмет сделки а его цену. Но "сохраненные" деньги так и остаются по статье "административные расходы" и в дальнейшм могут быть потрачены на тот же предмет но по более низкой цене.
Вместе с тем по сущесту сумма нарушений составляет 1000 рублей но для придания веса проверке ставят нарушения не 1000 рублей а стоимость полного контракта