Во первых, на самом аккумуляторе стоит контроллер защиты, который отключает аккумулятор от потребителя при его разряде ниже допустимого уровня, а так же отключает его от зарядки при заряде в 4.1-4.2 вольта (полностью заряжен).
Во вторых, в телефоне есть контроллер зарядки, подающий на аккумулятор оптимальное напряжение подзарядки, а так же отключающий его от зарядки по достижении определенного уровня заряда.
То есть, в телефоне аж двойная защита от перезарядки.