не всегда фараон был и верховным жрецом, в разное время по-разному. А браки между родней были не только в Египте, и дело не в зеленых человечках )
хоть и есть подтверждение случая, когда муж "перенес" жене оплодотворенную яйцеклетку от своей любовницы, эта вероятность ничтожно мала. Поэтому при таких браках гарантированно продолжалась династическая линия, даже если супруга и где то нагуляет. Именно этот статус "ковчега" и давал ей до первых родов большую власть, после этого она ее почти всегда теряла (если ребенок был здоров) и ее отправляли в храм жрицей, а по факту - в ссылку